Вагоноремонтные мастерские (депо) на Московском узле с 1868 по 1920 год входили в состав 1-го участка службы тяги. Производственная база 1-го участка тяги была сосредоточена в пределах станции Москва – пассажирская Ярославская. В 1919 году по приказу Наркома Путей сообщения в состав предприятия вошли вагонное депо Москва – 3, все пункты технического осмотра и ремонта вагонов, находящиеся в пределах Московского отделения (от станции Александров и Щелково), а также резерв проводников. Строительство здания для годового ремонта – осмотра пассажирских вагонов, переброска и монтаж оборудования были закончены в начале 1920 года и к 1 мая все рабочие вагоноремонтных мастерских перешли с Москвы – пассажирской в новое депо на Москве – 3. В конце 1925 года вагонное депо было преобразовано в чисто пассажирское, в связи с увеличением парка пассажирских вагонов и наличием более 50% вагонов требующих ремонта. В дальнейшем, были построены и введены в эксплуатацию: в 1930 году – вагоноколесные мастерские; в 1933 – корпус 11, здание для отцепочного ремонта; в 1934 – здание кузнечно–заготовительного цеха, электроцеха; в 1936 – здание электросварочного цеха; в 1943 – здание для промывки вагонов; в 1944 – здание деревообрабатывающего цеха. В 1952 году в колесных мастерских был организован один из первых роликовых цехов. В 1961 – 1964 построены здания ремонтно-экипировочного депо, резерва проводников, дезинфекционного корпуса и вагономоечной машины. В 1965 построено здание для мойки тележек. В 1970 - 1973 годах к помещению электроремонтного цеха сделана пристройка и организовано новое отделение по ремонту холодильного оборудования вагонов с купе-буфетами и вагонов-ресторанов. В июле 1977 года в депо был организован филиал Международной выставки «Железнодорожный транспорт 1977», где демонстрировались лучшие образцы отечественного и импортного оборудования по ремонту колесных пар. В 1989 году построены санитарно-бытовой корпус и база запаса вагонов ст. Загорск (Сергиев Посад). С апреля 2000 года пассажирское вагонное депо стало производить капитальный ремонт вагонов.

По указанию Министерства путей сообщения в честь знаменательных дат формировались и отправлялись эстафетные и юбилейные поезда: В 1979 году – эстафетный поезд по маршруту Москва – Тында с комсомольско-молодежным отрядом на БАМ. Начальник поезда - Дорофеев В.И.; в 1986 году в честь ХХ съезда ВЛКСМ эстафетный поезд, начальник поезда Пестов О.П.; эстафетный поезд с комсомольско-молодежным отрядом на стройки нефтегазового комплекса Урала и Сибири, начальник поезда Зайденберг В.А.; в 1987 году 2 эстафетных поезда «Россия» по маршруту Москва – Владивосток. В 2001 году был сформирован и отправлен эстафетный юбилейный поезд «Транссибу – 100 лет» с участием проводников железных дорог транссибирского направления, начальник поезда Зайденберг В.А.

В 2006 году торжественно отмечалось 40-летие фирменного поезда «РОССИЯ». 9 октября от перрона Ярославского вокзала столицы отправился юбилейный поезд «РОССИЯ», в составе которого был специальный вагон с музейно-выставочной экспозицией, рассказывающей как об истории Главного поезда страны, так и о его сегодняшнем дне, о тех местах, по которым он проходит.
Гордость депо – трудовые династии! Целые семьи и несколько поколений Петраковых-Марковых, Пильцовых-Кулик, Мамо-Ишо, Писчаковых, Беляевых, Привезенцевых составляют прочную основу коллектива. Ветераны производства: Куранова Л.П., Перова Е.Ф., Филиппова Н.Ю., Маньшин А.Ф., Маншина М.Е., Сорокин Ю.А., Ривкин И.Г., Спирин В.А., Спирин Н.Д., Кустов Ю.А., Филиппов В.В, Кручинина Н.М. показывают пример молодому поколению.

В декабре 1999 года Вагонный участок Восточного направления и вагонное депо Москва-3 объединены в Пассажирское вагонное депо Москва-3 - филиал ГУП «Дирекция по обслуживанию пассажиров» Московской железной дороги.
В 2003 году после создания ОАО «РЖД» предприятие было переименовано в Пассажирское вагонное депо Москва-3 Дирекции по обслуживанию пассажиров Московской железной дороги филиала ОАО «Российские железные дороги».
В 2006 году переименовано в связи с реорганизацией в Пассажирское вагонное депо Москва-3 Московской региональной дирекции по обслуживанию пассажиров Федеральной пассажирской дирекции филиала ОАО «Российские железные дороги».
В 2009 году Пассажирское вагонное депо Москва-3 было разделено на эксплуатационное (ЛВЧ-3) и ремонтное (ЛВЧД-7) депо.
С февраля 2010 года в результате реорганизации эксплуатационное вагонное депо, которое формирует и обслуживает поезд «РОССИЯ», именуется Вагонный участок Москва-Ярославская Московского филиала ОАО «Федеральная пассажирская компания».